Eine krankhafte Bakterienflora, also eine Dysbiose entsteht vor allem durch Fehlernährung mit isoliertem Industriezucker, hoch-ausgemahlenen Mehlprodukten und fehlenden Ballaststoffen. Denn gerade die krankhaft veränderte Darmflora, vor allem Pilze, benötigen diese „falsche“ Ernährung als Nährboden, während die Symbionten diese Nahrungsbestandteile nur schlecht verwerten können.
Antibiotika und einige andere Medikamente führen ebenfalls zu einer Zerstörung der normalen Darmflora, ebenso auch Konservierungs- und Insektenvernichtungsmittel. Auch eine Chemo- oder Strahlentherapie kann die Darmflora schädigen.
In dem Basisprofil Darm wird ein mikrobiologischer Florastatus erstellt, das heißt es wird das ausreichende Vorhandensein von physiologischen Darmbakterien – wie Laktobazillen (Milchsäurebakterien) und Bifidobakterien – gestestet. Aber auch Pilzbelastungen und krankhafte Keime können so im Darm nachgewiesen werden.